В письме от 27 августа 2015 года №03-07-09/49478 Минфин РФ пояснил, что в соответствии с подпунктом 6 статьи 169 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.
Пунктом 2 статьи 160 Гражданского кодекса Российской Федерации предусмотрено, что использование при совершении сделок факсимильного воспроизведения подписи с помощью средств механического или иного копирования, электронной подписи либо иного аналога собственноручной подписи допускается в случаях и в порядке, предусмотренных законом, иными правовыми актами или соглашением сторон.
Использование счетов-фактур, подписанных факсимильной подписью, Кодексом не предусмотрено.
Учитывая изложенное, счета-фактуры, составленные с использованием факсимильной подписи, признаются составленными с нарушением установленного порядка и не могут являться основанием для принятия предъявленных покупателю продавцом сумм налога на добавленную стоимость к вычету.
Аналогичная позиция изложена в постановлении Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 27 сентября 2011 г. N 4134/11.