Минфин РФ в письме от 27.06.2016 № 03-07-08/37247 разъяснил следующее:
При заявительном порядке возмещения компания обязана вернуть сумму НДС в части, которую налоговики не подтвердят в ходе камеральной проверки. На сумму НДС, которую возвращает компания, начисляются проценты в размере двукратной ставки рефинансирования. Минфин рекомендует налоговикам учитывать, что занижение суммы НДС приведет к штрафу по ст. 122 НК РФ, если одновременного выполняются два условия: на дату окончания установленного законодательством срока уплаты налога за налоговый период, за который налоговым органом начисляется недоимка, у налогоплательщика была переплата сумм того же налога, что и заниженный налог, в размере, превышающем или равном размеру заниженной суммы налога; на момент вынесения налоговым органом решения по результатам налоговой проверки эти суммы не были зачтены в счёт иных задолженностей налогоплательщика. Если при этих условиях размер переплаты был менее суммы заниженного налога, компанию от штрафа освобождают.