В своём письме от 20.06.16 № СД-4-3/10918@ ФНС России пояснила, что если продавец выделил в счёте-фактуре налог по освобожденным от НДС операциям, покупатель может принять его к вычету. Если компания реализует товары, работы и услуги, которые не облагаются НДС, но отдельно выделила налог в счёте-фактуре, она должна рассчитать и заплатить налог. Такое правило закреплено в Налоговом кодексе (п. 5 статья 173 НК РФ). В декларации по НДС нужно показать налог в строке 030 раздела 1 «Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет (возмещению из бюджета), по данным налогоплательщика».
Некоторые компании показывают налог в строке 010 раздела 3 декларации. Это, по мнению ФНС, неправильно. Налоговая советует подать уточненную декларацию. Но если организация этого не сделает, ошибка не повлияет на вычет у покупателя. Отказать покупателю в вычете по этой причине инспекция не может. Критично, если продавец вообще не показал в декларации налог, который он выделил в счёте-фактуре. Контролёров заинтересует, заплатил ли продавец налог или получил необоснованную налоговую выгоду. Чтобы ответить на этот вопрос, инспекторы проведут налоговые проверки. Несмотря на то, что уплату налога подтверждают платежки, неверно оформленная декларация по НДС повышает риски при применении вычета покупателем.
